Un giovane ragazzo di nome Link, cresciuto nella Foresta dei Kokiri, viene mandato su ordine del Grande Albero Deku nel Castello di Hyrule per incontrare la Principessa Zelda.
La Principessa gli rivela un sogno profetico, secondo il quale Link sarebbe diventato il salvatore del mondo di Hyrule da una malefica entità. Gli viene quindi affidato il compito di trovare tre Pietre Spirituali, ma una volta tornato al Castello il giovane assiste ad una scena terribile: la Principessa viene catturata infatti dal terribile Ganondorf, il Re dei ladri Gerudo, ma riesce a lanciargli un oggetto dei poteri tanto misteriosi quanto formidabili: la leggendaria Ocarina del Tempo.
The Legend of Zelda: Ocarina of Time 3D offre svariate novità, molte delle quali saranno apprezzate non solo dai fan, ma anche dai giocatori occasionali:

• grafica completamente rimasterizzata ed interamente in 3D
• testi per la prima volta localizzati in Italiano.
• utilizzo del giroscopio integrato: per prendere la mira con l’arco è sufficiente muovere la console nella direzione desiderata.
• modalità Master Quest che permette di rivivere l’avventura con un livello di difficoltà più elevato, ambientazioni modificate e differenti soluzioni degli enigmi.
• modalità Boss Challenge che permette di rivivere in ogni momento gli epici combattimenti contro i Boss già incontrati–ideale per brevi sessioni di gioco.
• comandi rapidi tramite touch screen, per un utilizzo più immediato e semplice di oggetti ed equipaggiamenti.
• video guida, in grado di aiutare i giocatori meno esperti.